Man har desuden, med varierende succes, prøvet at hjælpe søer tilbage til en bedre tilstand ved hjælp af forskellige indgreb. For at et indgreb har en chance for at hjælpe på søens tilstand er det vigtigt, at tilførslen af næringsstoffer er nede på et tilstrækkeligt lavt niveau først. Er det ikke tilfældet, vil indgrebet sjældent have nogen effekt. Selvom næringsstoftilførslen er lav, kan det tit tage lang tid (flere år) før effekten af et indgreb reelt kan ses i søen. Det skyldes bl.a., at der tit kan være en stor ophobning af fosfor i sedimentet, der under restaureringen frigives til søvandet (når man "roder i bunden") og derved forsinker processen.
Det mest effektive indgreb afhænger af forholdene i den enkelte sø; f.eks. størrelse, dybde, bundforhold, landskabelig beliggenhed mm. De forskellige former for indgreb kan kombineres.
Mekaniske indgreb
Nogle steder har man forsøgt at ilte bundvandet. På denne måde mindskes frigivelsen af fosfor fra sedimentet og man håber derved at fremskynde tilbagevendelsen til en god økologisk tilstand i søen. Det har bl.a. været praktiseret i Hald sø, ved Viborg.
Rensning af søbundvandet er også afprøvet. Høje koncentrationer af fosfor i søbundvandet kan mindskes ved rensning af vandet på et rensningsanlæg. Anlægget tilføres det fosforholdige bundvand, der renses og returneres til søen.
Desuden har man, bl.a. ved Brabrand Sø i Århus, forsøgt at fjerne det øverste mest næringsrige sediment for på den måde at reducere frigivelse af fosfor fra sedimentet.
Biologiske indgreb
De hyppigst anvendte indgreb i danske søer har været opfiskning af fredfisk (fisk, der æder dyreplankton), ofte kombineret med udsætning af rovfisk (fisk, der æder fisk). Effekten af disse indgreb, enten hver for sig eller kombineret, begrænser algetætheden og giver dermed bedre lysforhold i søen. En kombination af de to metoder har været anvendt blandt andet i Stubbe Sø, i det tidligere Nordjyllands amt.
Desuden har man forsøgt sig med udplantning/beskyttelse af undervandsplanter, for at fremme planternes indvandring og udvikling.
Øje Sø er en lille sø, der ligger omgivet af skov til alle sider. Søen er forholdsvis ren og ca. halvdelen af søbunden er dækket af planter, hvoraf tørvemos er langt den mest udbredte.