Engang bestod den danske natur af store sammenhængende naturarealer. Opdyrkning, byudvikling, udbygning af infrastruktur mm. har imidlertid betydet, at naturområderne i dag er blevet meget mindre og ligger spredt fra hinanden, adskilt af især agerjord. Naturen er blevet fragmenteret.
Denne udvikling har tre forskellige effekter, som alle har en betydelig negativ påvirkning på naturen:
- det samlede naturareal er formindsket
- der er en større kontaktflade mellem natur og agerjord (randeffekt)
- der er sket en øget isolation af bestandene af planter og dyr
Problemet er størst for de lysåbne naturtyper, fordi de også reduceres via tilgroning.
Nedgang i naturarealet
Natur kræver plads. Det skal forstås på den måde, at antallet af plante- og dyrearter på en lokalitet alt andet lige afhænger af lokalitetens størrelse, således at et stort areal kan oppebære et større antal arter end et lille.
Hvis et naturareal bliver mindre, vil der først ske en reduktion af de enkelte arters bestandsstørrelse. Herefter vil nogle af bestandene forsvinde, og endelig vil de enkelte arter begynde at uddø. Denne udvikling er påvist for mange naturtyper og organismer, men arternes reaktion på arealreduktionen sker dog typisk med en del forsinkelse.
Randeffekt
Opsplitningen af naturen i mange mindre områder giver en øget kontakt mellem agerjord og naturarealer. Brug af gødning og pesticider på agerjorden vil derfor i større omfang få en negativ effekt på de tilstødende naturarealer.

Fragmenteret overdrev
Isolation
Det reducerede naturareal kombineret med forringede levevilkår i mange af de resterende lysåbne naturtyper har bevirket, at de forskellige dyre- og plantearter får opsplittet deres bestande i mindre og isolerede delbestande. Små bestande har langt større risiko for at uddø end store sammenhængende bestande pga. indavl og tilfældige bestandssvingninger. Når arterne er forsvundet fra sådanne isolerede lokaliteter, vil det ofte være vanskeligt for nye bestande at sprede sig dertil, netop fordi lokaliteterne er små og isolerede.
Den øgede opsplitning og isolation af lokaliteterne forringer også muligheden for at opretholde levedygtige bestande inden for det lokale og regionale område og i hele Danmark. Det er klart, at de mest sjældne arter med de mindste bestande og med ringe spredningsevne har den største risiko for at uddø. Det er dog vanskeligt at forudsige sandsynligheden for, om en art vil forsvinde fra en lokalitet, en region eller måske fra hele Danmark. Det skyldes blandt andet, at mange arters individer lever i mange år, og det kan derfor tage flere generationer før effekterne fra arealreduktion og fragmentering af naturen udmønter sig i arters forsvinden. Vi har altså antagelig ikke set de fulde konsekvenser endnu.
Sikring af bestande og arter
Den mindste bestand, som sikrer, at en art kan overleve i et længere tidsrum på et bestemt areal, kaldes artens "minimum levedygtige bestand". Der findes meget få undersøgelser af disse bestandsstørrelser, og det må antages, at bestandsstørrelsen svinger meget for de enkelte arter.
På samme måde vil det inden for en region være nødvendigt at opretholde et bestemt antal bestande af de enkelte arter, for at arterne kan overleve i regionen. Det er nødvendigt, at disse lokaliteter er indbyrdes forbundet således, at der er mulighed for, at arten kan spredes mellem de pågældende lokaliteter.
Læs mere i afsnittet om etablering af ny natur