Plante- og dyrelivet i de danske farvande er truet af tilførsel af for store mængder af næringsstofferne kvælstof og fosfor.
Kvælstof og fosfor spredes på markerne som plantegødning i form af hhv. husdyr- og kunstgødning. I takt med at tilførslen er øget, er mængden af planteplankton og hurtigt-voksende "ukrudts-alger", som søsalat, også steget. Den øgede mængde planteplankton gør vandet uklart og skygger for lysets nedtrængning i vandet. Det hindrer ålegræs og tang i at vokse på dybere vand.
Når planteplanktonet dør, synker det til bunden og omsættes - og denne proces bruger ilten i bundvandet. Den øgede mængde planteplankton har derfor medført, at mange fjorde og dele af de indre farvande med få års mellemrum rammes af omfattende iltsvind. Herved dør en betydelig del af bunddyrene. Ved gentagne iltsvind er kun få, meget robuste og kortlivede arter, i stand til at overleve. Det medfører dårlige muligheder for de fisk, der søger føde ved bunden, og bestandene af bundfisk er da også mindsket kraftigt i mange områder.
I fjordene spiller den direkte tilførsel af næringsstoffer fra land ofte hovedrollen, mens tilførslen fra luften og fra Nordsøen og Kattegat også har betydning i de åbne havområder.
Tab af kvælstof fra landbruget er den største kilde til tilførslen fra land, mens fosfor hovedsageligt kommer fra byernes og industriens spildevand og som tab fra landbruget.
Udledningen af næringsstoffer er forsøgt begrænset med Vandmiljøplanerne I + II + III.
Mange steder har disse planer ikke været tilstrækkelige til, at der kan nås en god økologisk tilstand i 2015 som det kræves i Vandrammedirektivet. Der vil derfor være behov for en yderligere indsats.
