Det oprindelige plante- og dyreliv i de danske marine naturtyper trues af indførsel af nye arter, som ikke er naturligt hjemmehørende i Danmark. Nye arter kan yngle ukontrolleret og derved skabe masseforekomster, da de mangler naturlige fjender. Masseforekomsterne kan fortrænge det naturlige plante og dyreliv. Det kan ske ved at overtage deres levesteder, som det er tilfældet med sargassotang, der flere steder har udkonkurreret sukkertang og andre oprindeligt hjemmehørende arter. Eller ske ved at sygdomme eller parasitter svækker bestande af planter eller dyr, som har en afgørende indflydelse på hvordan de marine naturtyper fungerer. Det gælder blandt andet den sygdom, som i begyndelsen af 1930´erne udryddede næsten hele den meget store bestand af ålegræs i de danske fjorde og indre farvande. Det medførte en forøget nedbrydning af flere kyster og at betydelige mængder af sand begyndte at vandre, da de store "enge" af ålegræs ikke længere kunne dæmpe bølgerne og med rødderne holde på bunden.
Arter fra andre dele af verden kommer hovedsageligt til Danmark som blinde passagerer på skibenes bund eller i skibenes vandtanke. Skibene har nogle tanke i bunden, som de kan fylde med vand, så de kan ligge mere stabilt og sikkert. De indre danske farvande er meget udsatte for indførsel af nye arter, da er en betydelig trafik af skibe til og fra Østersøen. Ofte er skibe nødt til at tømme deres tanke for vand, når de bliver fuldt lastet, eller når de sejler ind mod Østersøen. Her har skibene brug for mere opdrift, da vandet i Østersøen er brakt og ikke bærer skibene så godt oppe som det saltere vand i Nordsøen.
Endvidere kan dyr, importeret til opdræt i saltvand, undslippe og begynde at yngle kraftigt. Det gælder for eksempel stillehavs-østers, som nu danner massive bestande i Vadehavet og fortrænger den oprindelige bestand af blåmusling. Der er frygt for at tilsvarende kan ske andre steder, blandt andet i Limfjorden.
Det er ikke muligt at udrydde marine arter af kunstig vej, når de først er kommet ind i et havområde. Ofte ved man ikke meget om arternes effekt på de marine økosystemer, med mindre de udløser "katastrofer", hvilket typisk sker, når arten forekommer i stort tal.