Indvinding af grundvand til drikkevand, markvanding, dambrugsdrift osv. ved oppumpning eller frit overløb, kan påvirke naturen i de våde naturtyper negativt. Dette skyldes, at indvinding af store mængder grundvand kan resultere i en markant sænkning af grundvandsstanden i et område omkring indvindingsstedet.
Sænkning af grundvandsstanden betyder i første omgang, at de naturtyper og organismegrupper, som er afhængige af vandmættede og/eller (tidvist) vanddækkede forhold, kan forsvinde. Desuden giver vandindvindingen en række effekter, som er identiske med dem beskrevet under dræning og grøftning: Når enge, kær, moser og klitlavninger tørlægges, sker der en langt hurtigere omsætning af tørven (i stedet for fortsat opbygning af tørv), herved frigives mange næringsstoffer, og dette medfører en markant ændring af artssammensætningen på arealet. De nøjsomme og fugtighedskrævende kærplanter udkonkurreres af hurtigtvoksende, konkurrencestærke tørbundsarter som Brændenælder, Dueurter og Alm. Mjødurt - og artsdiversiteten falder drastisk. Den karakteristiske fauna af snegle, biller, sommerfugle, fugle og pattedyr forsvinder sammen med naturtypens oprindelige flora. Grundvandsindvindingen kan også betyde, at de vandmængder, som strømmer til kildeområderne, bliver langt mindre. Hermed svækkes kildvældet, kildearealet formindskes, vandet kan måske ikke længere nå helt op til jordoverfladen, og den karakteristiske flora (ofte domineret af mosser) og fauna (med snegle og renvandsinsekter) forsvinder.
Kan der gøres noget?
Grundvandsindvinding i større stil bør undgås eller omfanget minimeres når sårbare naturtyper som kilder, rigkær, klitlavninger, våde heder, højmoser og Ellesumpe påvirkes. Nødvendig indvinding som f.eks. drikkevandsindvinding, bør nøje tilrettelægges således, at det finder sted i det åbne land, hvor afstanden til sårbare naturtyper er meget stor.