En væsentlig trussel mod naturen er udvaskning af næringsstoffer (fosfor og kvælfstof) fra landbrugsjord til søer, vandløb og fugtige naturtyper som moser, enge og kær. Tilførsel af kvælstof og fosfor via overfladevand eller grundvand forskyder artssammensætningen, så næringsstofelskende arter bliver dominerende, mens sårbare, sjældne og karakteristiske arter forsvinder. Nogle næringsfattige naturtyper som f.eks. højmoser, heder og lobeliesøer er særligt følsomme overfor øget næringsstoftilførsel, men også enge, overdrev, kildevæld og rigkær i ådalene er truet af næringsstofudvaskning fra tilstødende landbrugsarealer.
Ved at ændre driften, kan udvaskning af næringsstoffer fra landbrugsjord reduceres. Når tilførslen af kunstgødning eller gylle reduceres eller ophører, mindskes risikoen for, at der opbygges et overskud af næringsstoffer i jorden, som planterne ikke kan optage, og som derfor udvaskes til naturarealer, vandløb og fjorde. Vedvarende plantedække på landbrugsarealer i form af efterafgrøder kan være med til at fastholde næringsstofferne og derved hindre udvaskning. Omlægning fra produktion af enårige afgrøder til vedvarende græs fastholder og opsamler ligeledes næringsstoffer.
Påvirkningen af udvaskede næringsstoffer kan også reduceres ved at etablere randzoner (bufferzoner) mellem dyrkede arealer og naturarealer. Plantedækket i bufferzonerne kan optage en del af næringsstofferne fra overfladevandet.
Etablering af våde enge er en anden mulighed. På fugtige/våde arealer skabes iltfrie forhold, hvorunder kvælstof omsættes og frigøres på luftform (denitrifikation). Ofte kan de våde enge kombineres med genslyngning af tidligere regulerede (kanaliserede) vandløbsstrækninger. Herved sikres åens naturlige vandstandssvingninger, og når de omkringliggende enge oversvømmes, omsætter engenes bakterier store mængder kvælstof fra åens vand. Generelt bør moser og enge ikke i sig selv fungere som bufferzoner eller rensningsanlæg (våde enge) for at reducere næringsstofudvaskningen fra dyrkede marker eller vandløb - det er ikke kun vandmiljøet, men også de andre naturtyper, der lider under øget næringsstofudvaskning.
Lokalt kan særligt sårbare og værdifulde naturtyper forskånes for næringsstofholdigt overfladevand ved at lede dræn og afløb udenom udvalgte lokaliteter. Dette fjerner påvirkningen lokalt, men forudsætter en udledning til andre lokaliteter.