Det er Miljøministeriets 7 lokale Miljøcentre, som står for den praktiske udarbejdelse af Vandplaner og Natura 2000 planer. Det sker i tæt samarbejde med de lokale kommuner og med bidrag fra interesseorganisationer og borgere.
Regionerne har gennemgået forslag fra kommunalbestyrelserne i regionen. De koordinerede forslag er sendt til Miljøministeriets 7 lokale Miljøcentre.
Kommunerne skal fra 2010 gennemføre planerne ude i landskabet. De er derfor tæt på planprocessen fra start til slut. Det sikres blandet andet gennem jævnlige møder med Miljøcentrene.
De større interesseorganisationer har fået plads i Miljøcentrenes Vand- og Naturråd. Her har de sammen med kommunerne og regionerne mulighed for at holde sig orienterede og give deres holdninger til kende.
Borgerne har - ligesom kommuner, regioner og organisationer - haft mulighed for at give direkte bidrag til planerne gennem idefasens hjemmeside indtil d. 22. december 2007.
Senere bliver der mulighed for at komme med bemærkninger og indsigelser til de konkrete planforslag.